Génomique Métabolique - UMR 8030

Secteur d'activité

Génomique / Post-Génomique

Thématique principale

Étude de la diversité génomique et chimique des organismes.

Mots clés

Séquençage - Biochimie - Métabolisme - Métabolomique - Génomique comparative - Génomique fonctionnelle - Enzyme - Biocatalyse - Bioremédiation - Transcriptomique - Spectrométrie - Biologie synthétique - Ingénierie métabolique.

Domaine d'activité

- Génomique des eucaryotes, procaryotes et des métagénomes.
- Métabolisme.
- Biocatalyse.
- Bioremédiation.
- Chimie organique, chimie analytique.
- Ingénierie métabolique/biologie synthétique.

Thématique de Recherche

L’UMR Génomique métabolique est la structure de recherche fondamentale du Genoscope - Centre national de séquençage qui fait partie de l'Institut de l'Institut de Biologie François-Jacob du CEA - Paris-Saclay.

Au travers de différents projets, propres ou menés sous forme de collaborations nationales ou internationales, nous explorons la biodiversité des organismes par l’analyse de leur génome, participant ainsi de façon significative à l'obtention d'une vision globale de l’arbre du vivant. Récemment, l’apparition de nouvelles technologies de séquençage a révolutionné la recherche en génomique donnant accès non seulement à de nouveaux génomes appartenant à des domaines largement sous-explorés, mais aussi à l’étude globale de la biodiversité de consortia d’organismes issus de prélèvements environnementaux. Un des projets phares (TARA) impliquant l’équipe du LAGE (P. Wincker) explore la biodiversité des organismes marins.

Le déluge de données de séquences de novo s’accompagne aussi d’un accroissement du nombre de gènes dont les fonctions restent totalement inconnues. Le Genoscope et l’UMR ont donc décidé d’étendre l’étude de la biodiversité des génomes à celle des réactions chimiques réalisées par le vivant, en structurant l’Unité en trois pôles scientifiques :

Pôle 1 : Exploration de la diversité du vivant par l’analyse des génomes et des méta-génomes (LAGE - P. Wincker ; LABGeM - C. Médigue).

Pôle 2 : Compréhension approfondie du métabolisme des procaryotes, en particulier par la découverte de nouvelles réactions chimiques catalysées par le vivant et leur exploitation comme alternative à la chimie de synthèse ou en bioremédiation (LGBM - M. Salanoubat ; LABGeM - C. Médigue ; LBMS/LCAB - V. De Berardinis ; LBMS/LCOB - A. Zaparucha ; LMP - D. Le Paslier).

Pôle 3 : Diversification de la chimie du vivant par des approches d’ingénierie métabolique / biologie synthétique (LBMS/LA - M. Bouzon-Bloch, Laboratoire iSSB).

Au-delà du côté fondamental, cette chimie du vivant (biotechnologie blanche), basée sur la découverte et l'utilisation d'enzymes, apportera une contribution importante pour dessiner de nouvelles voies de production de composés d'intérêt. Cette évolution s’inscrit résolument dans une démarche de chimie durable en participant à la mise en place d’une chimie économe en carbone fossile, moins polluante et moins gourmande en énergie.

Collaborations :
IFPEN, Institut de Chimie de Clermont-Ferrand, (ICCF - UMR 6296), Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology, Potsdam, LCB AMU, (Aix-Marseille), Institute of Ecology and Genetics of Microorganisms, Perm, Russie, Réseaux européens ERASynbio, ERASysbio, GDR BioSynSys (Biologie de synthèse et des systèmes).

Collaborations industrielles :
Abolis Biotechnologies, Isthmus.

Responsable

M. SALANOUBAT Marcel
Directeur

Coordonnées

Adresse : Genopole Campus 2 - Bâtiment G1 - 2 rue Gaston Crémieux - CP 5706
91057 EVRY Cedex
Téléphone : 01 60 87 25 00
Fax : 01 60 87 25 14
Mail : catherine.contrepois@genoscope.cns.fr
Web : http://www.genoscope.cns.fr

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